成书于战国时期的我国古代医学总集《黄帝内经》，包含素问九卷、灵枢九卷，不只总结了秦汉曾经的医疗经历，奠定了中医学的理论根底，并且其间的一些重要思维和理论观念，也为健身气功的开展奠定了理论根底。
我国古代的哲学家和医学家，很早就把气的一元论运用到医学和气功范畴。在《黄帝内经 ·素问 ·宝命全形论》中就明确地提出了人为气生的观念。指出：“人以六合之气生，四时之法成”，“人生于天，悬命于地，六合合元，命之曰人。”不只如此，人的生命坚持亦依托六合之气。《黄帝内经》指出：“天食人以五气，地食人以五味。五气入鼻，藏于心肺，味有所藏，以养五气。气相而生，津液相成，神乃自生。”这就是说，人体形质的长养以及功用活动和精力活动均依托于气。因而，气不只是构成人体最底子的物质，也是生命赖以存在和开展的动力和动力。《黄帝内经》还精确指出：“正气存内，邪不行干”，“邪之所凑，其气必虚。”一起，提出了气功保健摄生与看病恢复的办法，即扶引、行气和按跷。其间，关于扶引的办法，在《黄帝内经》中说到的就有十四处之多，并且还总结出了用扶引办法医治恢复十多种疾病的经历。关于行气的办法，《黄帝内经》理解精确地提出：行气不只能使人延年益寿，并且还能激发人的才智。关于按跷的办法，《黄帝内经》着重：它是一种运动手足四肢的扶引运功，是一种自我保健医治的办法。而这些扶引办法都是以气的一元论为理论依照的，是气的一元论理论的详细运用。健身气功训练正是经过形体动作、呼吸吐纳和心思调度来引导人体内气运转，从而到达强身健体意图的。这就充分阐明气的一元论不只是中医学的重要理论根底，并且也是健身气功的重要理论根底。
《黄帝内经》以为，世界是由阴阳二气彼此作用的成果。在《黄帝内经》看来，“孤阴不生，孤阳不长”，“生之本，本于阴阳”，“阴在内阳之守也，阳在外阴之使也”，“阴根于阳，阳根于阴”。这就是说，阴阳是对立一致的。只要坚持人体阴阳平衡，才能使人不抱病。书中说：“阴平阳秘，精力乃治；阴阳离决，精气乃绝。”“阴阳匀平，以充其形”，在此情况下，“命曰平人”。如若发生“阴阳更胜之变”，其成果就会“阴阳相倾”，“阴胜则阳病，阳胜则阴病。阳胜则热，阴胜则寒”，“此阴阳更胜之变，病之形能也。”因而，身体的健康与否，底子在于阴阳能否坚持相对的平衡。
健身气功训练的意图就在于平衡人体阴阳。所谓“必清必静，则病气衰去”，“阳病治阴，阴病治阳”，补偏救弊，扶弱抑强，都是旨在和谐人体动态的阴阳相对平衡，以到达强身健体的意图。如健身气功 ·八段锦中的“调度脾胃须单举”、“摇头晃脑去心火”等功法动作，都是依据阴阳平衡理论编创而成的。可见，阴阳学说也是健身气功的重要理论根底之一。
生命全体观是祖国医学重要的理论根底。《黄帝内经》把人体当作一个有机全体，它以五脏为中心，联络其他安排、器官，由经络“内联脏腑，外络支节”。《素问·灵兰秘典论》中说：“心者，君主之官也，神明出焉。……故主明则下安，以此摄生则寿，殁世不殆……主不明则十二官危，使道阻塞而不通，形乃大伤，以此摄生则殃，……戒之戒之。”《黄帝内经》顶用五行相生和相克来阐明五脏之间彼此差异和彼此联络，构成有机的全体。正是这种有机的联络，一起完成了人体一致的机能活动。
生理上的全体性，就决议了病理上和诊治上的全体性。如眼病，不能就眼治眼，由于“肝气通于目，肝和则目能辨五色矣。”“五脏六腑之精气，皆上注于目。”因而，中医看病不是头疼医头，脚疼医脚，而是全体疗法，辨证施治。“从阴引阳，从阳引阴”，有时“病在上者，下取之，病鄙人者，高取之”，“以右治左，以左治右”等等。健身气功是一种重视全体调度的功法，健身气功训练既重视全体上的调度，也重视调度的进程。可见，《黄帝内经》中的生命全体观不只为健身气功的编创奠定了理论根底，并且为健身气功的习练供给了辅导准则。
《黄帝内经》中的精、气、神学说，不只为健身气功训练供给了医学根底，并且供给了哲学根底。《素问 ·金匮真言辞》中说：“夫精者，身之本也。”《灵枢经脉》中说：“人始生，先成精。”“两神相搏，合而成形，常先身主，是谓精。”精是人体内的精微物质和精气。《灵枢 ·决气》中说：“上焦开发，宣五谷味，熏肤，充身泽毛，若雾露之溉，是谓气。”“真气者，所受于天，与谷气并而充身者也。”“气者，人之底子也。根绝则茎叶枯矣”。《景岳全书》中说：“人之有生全赖于气。”因而，气亦为人体的根本物质。神是精与气发生的一种物质。《灵枢经》说：“两精相搏谓之神。”《灵枢 ·平人绝谷》中说：“故神者，水谷之精气也。”所谓神，是指藏于心中之神情，气之提高，故“得神者昌，失神者亡”。因而，中医学中的神是人体中重要的生命物质。
精、气、神之间联络极为亲近。《黄帝内经》中说：“精中气愤，气中生神。”《类经》中说：“精全则气全，气全则神全。”因而，精、气、神都是坚持生命必不行少的要素，精和气是神的根底，而神又是精和气的提高。健身气功的训练正是为了保养精元，培养精气，以使气足够、旺盛，扶正气，驱邪气，到达健身摄生的意图。健身气功训练的自身就在于内练精、气、神，外练筋、骨、皮。
综上所述可以精确的看出，《黄帝内经》提出的元气学说、精气学说、阴阳学说以及生命全体观，不只为中医学奠定了理论根底，并且也为健身气功奠定了坚实的理论根底。
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